Según el Estatut, Madrid no puede detener a Puigdemont, pero, si lo hiciera, Junqueras puede sustituirlo.

Es bueno recordar que dice el Estatut de Catalunya sobre presidencia:

El presidente o presidenta de la Generalitat
Artículo 67. Elección, nombramiento, estatuto personal,
cese y competencias
1. El Presidente o Presidenta tiene la más alta representación de la
Generalitat y dirige la acción del Gobierno. También tiene la representación
ordinaria del Estado en Cataluña.
2. El Presidente o Presidenta de la Generalitat es elegido por el
Parlamento de entre sus miembros. Puede regularse por ley la limitación
de mandatos.
3. Si una vez transcurridos dos meses desde la primera votación de
investidura, ningún candidato o candidata es elegido, el Parlamento
queda disuelto automáticamente y el Presidente o Presidenta de la Generalitat
en funciones convoca elecciones de forma inmediata, que deben
tener lugar entre cuarenta y sesenta días después de la convocatoria.
4. El Presidente o Presidenta de la Generalitat es nombrado por
el Rey.
5. Una ley del Parlamento regula el estatuto personal del Presidente
o Presidenta de la Generalitat. A los efectos de precedencias y
protocolo en Cataluña, el Presidente o Presidenta de la Generalitat
tiene la posición preeminente que le corresponde como representante
de la Generalitat y del Estado en Cataluña.
6. Como representante ordinario del Estado en Cataluña, corresponde
al Presidente o Presidenta:
a) Promulgar, en nombre del Rey, las leyes, los Decretos leyes y los
Decretos Legislativos de Cataluña y ordenar su publicación.
b) Ordenar la publicación de los nombramientos de los cargos
institucionales del Estado en Cataluña.
c) Solicitar la colaboración a las autoridades del Estado que ejercen
funciones públicas en Cataluña.
d) Las demás que determinen las leyes.

7. El Presidente o Presidenta de la Generalitat cesa por renovación
del Parlamento a consecuencia de unas elecciones, por aprobación de una moción de censura o denegación de una cuestión de confianza,
por defunción, por dimisión, por incapacidad permanente, física o
mental, reconocida por el Parlamento, que lo inhabilite para el ejercicio
del cargo, y por condena penal firme que comporte la inhabilitación
para el ejercicio de cargos públicos.
8. El Consejero Primero o Consejera Primera, si lo hubiere, o el
Consejero o Consejera que determine la ley suple y sustituye al Presidente
o Presidenta de la Generalitat en los casos de ausencia, enfermedad,
cese por causa de incapacidad y defunción. La suplencia
y la sustitución no permiten ejercer las atribuciones del Presidente o
Presidenta relativas al planteamiento de una cuestión de confianza, la
designación y el cese de los Consejeros y la disolución anticipada del
Parlamento.
9. El Presidente o Presidenta de la Generalitat, si no ha nombrado
a un Consejero Primero o Consejera Primera, puede delegar temporalmente
funciones ejecutivas en uno de los Consejeros.

Primero de todo recordar que no se puede detener a Puigdemont salvo que el Gobierno de España se haga un autogolpe de estado y reviente sus leyes y su constitución.
Lean el artículo 70 que lo clarifica:

Artículo 70. Estatuto personal de los miembros del Gobierno
1. El Presidente o Presidenta de la Generalitat y los Consejeros,
durante sus mandatos y por los actos presuntamente delictivos
cometidos en el territorio de Cataluña, no pueden ser detenidos ni
retenidos salvo en el caso de delito flagrante.
2. Corresponde al Tribunal Superior de Justicia de Cataluña decidir
sobre la inculpación, el procesamiento y el enjuiciamiento del
Presidente o Presidenta de la Generalitat y de los Consejeros. Fuera
del territorio de Cataluña la responsabilidad penal es exigible en los
mismos términos ante la Sala de lo Penal del Tribunal Supremo.


Bien, supongamos que el gobierno español tiene una policía precrimen a lo "Minority Report" y detienen a Puigdemont por rebelión.
Pues Junqueras lo podría sustituir, aunque no podría convocar elecciones.
Le sería más fácil declarar la independencia que unas nuevas elecciones.